北京醫院協會由北京地區的各級醫療機構和醫院管理者聯合發起，于1996年3月經北京市社會團體登記管理機關核準登記的非營利性社會團體、獨立法人單位。

　　北京醫院協會會員單位包括北京地各系統醫療機構120多家，其中以二、三級醫院為主。北京醫院協會目前有分支機構27個（包括2個直屬專業管理機構）：城市醫院委員會、農村醫院委員會、民營醫院委員會、醫政管理分會、門急診管理分會、藥事管理專業委員會、維護醫院權益與衛生法律咨詢專業委員會、醫院行政管理專業委員會、醫院醫療保險管理專業委員會、醫療管理科學專業委員會、臨床實驗室管理專業委員會、臨床藥師管理培訓中心、醫院遠程醫學管理專業委員會、醫院經營管理專業委員會、醫院社會工作管理專業委員會、醫院管理與發展專業委員會、醫院評價管理專業委員會、醫院文化傳播管理專業委員會、醫院護理管理專業委員會、醫院感染管理專業委員會、醫院信息管理專業委員會、全科醫療管理專業委員會、醫院日間手術管理專業委員會、醫院康復醫學管理專業委員會、醫院靜脈血栓栓塞癥防治管理專業委員會、健康促進與健康教育專業委員會、醫院黨建研究專業委員會。

　　北京醫院協會的宗旨是:團結北京地區各級各類醫療單位和醫院管理工作者，貫徹衛生工作方針政策,深化醫藥衛生體制改革，加強醫院的行業管理，促進醫院與醫院、醫院與社會各界聯系、協作；維護會員單位的合法權益；促進醫院的現代化建設和科學管理，促進醫院管理學科的發展；更好地為首都人民健康服務，為北京地區建設具有中國特色社會主義醫療衛生事業服務。本會遵守憲法、法律、法規和國家政策，遵守社會道德風尚,維護國家的根本利益，促進經濟發展和社會進步。

　　北京醫院協會的業務主管單位是北京市衛生健康委員會，依法接受其業務指導；本會的社會團體登記管理機關是北京市民政局，接受其監督管理。